Twee opkomende grenzen in de medische microbiologie: mNGS & AMR-oplossingen

De medische microbiologie evolueert snel. Twee transformatieve gebieden:

1. Metagenomische Next-Generation Sequencing (mNGS)

• Wat: Shotgun-sequencing van alle nucleïnezuren in een klinisch monster (bloed, CSF, BAL, weefsel) – gastheer + microbiome + pathogenen.
• Doorbraak: Detecteert onverwekkelijke, nieuwe of onverwachte pathogenen (virussen, bacteriën, schimmels, parasieten) in één test – geen vooraf hypothese nodig.
• Toepassingen: Encephalitis van onbekende oorzaak, sepsis, geïmmunde gecompromitteerde patiënten, uitbraaksonderzoek, profilering van antimicrobiële resistentiegenen.
• Uitdagingen: Kosten, doorlooptijd (24–72u), bio-informatica expertise, achtergrond DNA van gastheer, contaminatie, klinische validatie, vergoeding.

2. Antimicrobiële Resistentie (AMR) Mechanismen & Nieuwe Strategieën

• Crisis: 1,27 miljoen doden/jaar direct door AMR (2019); prognose 10 miljoen in 2050.
• Mechanisme-onderzoek: Mobiele genetische elementen (plasmiden, integronen), effluxpompen, enzymatische afbraak (β-lactamases, carbapenemases), doelmutaties, biofilm-gemedieerde tolerantie.
• Nieuwe tegenmaatregelen:
  • Nieuwe antibiotica-klassen: Teixobactine, darobactines, cilagicine (uit ongekweekte micro-organismen).
  • Fagentherapie: Ingenieursbacteriofagen voor resistente infecties (compassioneel gebruik → trials).
  • Antimicrobiële peptiden: Synthetisch of gastheer-afgeleid (defensines).
  • Immunotherapieën: Monoclonale antilichamen (bijv. anti-toxine), vaccins (Staph, Pseudomonas).
  • CRISPR-Cas antimicrobiëlen: Sequencespecifieke dood van resistentiegenen.
  • Adjuvans-versterkers: Effluxpomp-remmers, β-lactamase-remmers (avibactam, vaborbactam).
• One Health-integratie: Surveillance van mens, dier, milieu.

Deze velden convergeren: mNGS detecteert resistentiegenen direct uit monsters, wat gerichte nieuwe therapieën stuurt.